Jak wynika z art. 17 ust. 1 pkt 34a ustawy o CIT wolne od podatku są dochody podatników z działalności gospodarczej osiągnięte z realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (Dz. U. z 2023 r. poz. 74, 1688 i 2005), i uzyskane na terenie określonym w tej decyzji o wsparciu, przy czym wielkość pomocy publicznej udzielanej w formie tego zwolnienia nie może przekroczyć wielkości pomocy publicznej dla przedsiębiorcy, dopuszczalnej dla obszarów kwalifikujących się do uzyskania pomocy w największej wysokości, zgodnie z odrębnymi przepisami. Z kolei w myśl art. 17 ust. 4 ustawy o CIT zwolnienie podatkowe, o którym mowa w ust. 1 pkt 34a, przysługuje podatnikowi wyłącznie odpowiednio z tytułu dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie określonym w zezwoleniu lub z tytułu dochodów uzyskanych z realizacji nowej inwestycji na terenie określonym w decyzji o wsparciu. Zatem podmiot, który otrzymał decyzję o wsparciu korzysta ze zwolnienia od podatku CIT w zakresie dochodów osiągniętych z działalności gospodarczej objętych tą decyzją.

W związku z tym, że podmiot posiadający decyzję o wsparciu korzysta ze zwolnienia od podatku CIT, zastosowania nie znajdują ulgi podatkowe przewidziane w ustawie. Ustawodawca wprost wyłączył w takiej sytuacji możliwość skorzystania z ulgi B+R (art. 18d ust. 6), ulgi na prototyp (art. 18ea ust. 10), ulgi prowzrostowej (art. 18eb ust. 8), ulgi na robotyzację (art. 38eb ust. 8). Oczywiście wyłączenie to ma zastosowanie do dochodów osiąganych z działalności gospodarczej objętej decyzją o wsparciu. W zakresie dochodów osiąganych z innych tytułów, możliwe jest skorzystanie z ulg podatkowych.

Podatnicy niekiedy zastanawiają się czy mogą skorzystać z powyższych ulg podatkowych w odniesieniu do dochodów osiągniętych z działalności gospodarczej objętej decyzją o wsparciu w sytuacji, w której doszło do wykorzystania całego limitu otrzymanej pomocy publicznej przed końcem okresu ważności decyzji o wsparciu.

W interpretacji indywidualnej z dnia 12.07.2023 r. (sygn. 0111-KDIB1-3.4010.302.2023.1.JKU) wskazano, że „po skonsumowaniu pomocy wynikającej ze zwolnienia z opodatkowania podatkiem CIT na podstawie DoW, tj. w okresie w którym nie będzie już korzystała ze zwolnienia podatkowego na podstawie DoW, Spółka będzie mogła korzystać z ulgi B+R także w stosunku do działalności badawczo-rozwojowej prowadzonej na terenie i w zakresie działalności objętej DoW”. Takie samo stanowisko zawarte jest w interpretacji indywidualnej z dnia 1.06.2021 r. (sygn. 0111-KDIB1-3.4010.153.2021.2.APO) oraz z dnia 9.02.2022 r. (sygn. 0111-KDIB1-3.4010.436.2020.7.BM). Należy jednak podkreślić, że ostatnia z wymienionych interpretacji została wydana po uzyskaniu korzystnych dla wnioskodawcy dwóch orzeczeń w tej sprawie – wyroku WSA w Rzeszowie z 18 lutego 2021 r., sygn. I SA/Rz 32/21 oraz wyroku NSA z 9 września 2021 r., sygn. II FSK 724/21.

Podsumowując, w odniesieniu do ulg wskazanych w art. 18d, 18ea, 18eb oraz 38eb ustawy o CIT ustawodawca wprost wskazał na możliwość zastosowania tych preferencji tylko wówczas, gdy koszty te nie są uwzględniane w kalkulacji dochodu zwolnionego z podatku na podstawie decyzji o wsparciu. Należy także podkreślić, że w przedmiotowym zagadnieniu można mówić o utrwalonej linii interpretacyjnej.