Na czym polega ulga na innowacyjnych pracowników?

Ulga na innowacyjnych pracowników pozwala przedsiębiorcom wykorzystać niewykorzystaną część ulgi B+R poprzez pomniejszenie zaliczek na PIT pobieranych od wynagrodzeń osób zaangażowanych w działalność badawczo-rozwojową. Rozwiązanie to może być szczególnie korzystne dla firm, które z powodu straty albo zbyt niskiego dochodu nie mogły odliczyć pełnej wartości kosztów kwalifikowanych B+R.

Kluczowe jest ustalenie pozostałej puli B+R

Korzystanie z preferencji wymaga jednak odpowiedniego ustalenia, jaka część nierozliczonej puli B+R pozostaje przedsiębiorcy do wykorzystania w kolejnych latach. Ma to bezpośrednie znaczenie dla wartości przyszłych odliczeń i skali korzyści podatkowej dostępnej po zastosowaniu ulgi na innowacyjnych pracowników.

Na tym tle powstała istotna rozbieżność interpretacyjna. Zgodnie z art. 18d ust. 8 ustawy o CIT przy dalszym rozliczaniu niewykorzystanych kosztów kwalifikowanych uwzględnia się pomniejszenia dokonane w ramach ulgi na innowacyjnych pracowników. Wątpliwość dotyczy jednak tego, czy pulę kosztów B+R należy zmniejszyć o faktyczną wartość zaliczek PIT objętych ulgą, czy o wartość kosztów kwalifikowanych, które stanowiły podstawę obliczenia tego pomniejszenia.

MF prezentuje bardziej restrykcyjne podejście

Ministerstwo Finansów, odpowiadając na pytania „Dziennika Gazety Prawnej”, opowiedziało się za mniej korzystnym dla podatników wariantem. Zdaniem resortu skorzystanie z ulgi na innowacyjnych pracowników oznacza wykorzystanie tej części kosztów kwalifikowanych B+R, która posłużyła do obliczenia wysokości pomniejszenia zaliczek PIT. Oznacza to, że z puli pozostającej do rozliczenia w kolejnych latach należałoby wyłączyć nie samą kwotę pomniejszonych zaliczek, lecz odpowiadającą jej wartość kosztów kwalifikowanych.

Takie podejście może prowadzić do znacznie szybszego wykorzystania puli kosztów kwalifikowanych, a w konsekwencji ograniczyć wartość ulgi B+R dostępną dla przedsiębiorcy w kolejnych latach.

Ministerstwo Finansów zapowiedziało jednocześnie możliwość weryfikacji i ewentualnej zmiany interpretacji indywidualnych, w których Dyrektor KIS prezentował odmienne, korzystniejsze dla podatników stanowisko.

KIS nadal potwierdza korzystniejsze podejście

Co istotne, stanowisko MF nie zakończyło rozbieżności interpretacyjnych. 9 września 2026 r. Dyrektor KIS wydał interpretację indywidualną, sygn. 0111-KDIB1-3.4010.433.2026.2.DW, dotyczącą spółki zamierzającej korzystać z ulgi na innowacyjnych pracowników przy jednoczesnym posiadaniu nierozliczonych kosztów kwalifikowanych B+R.

Spółka przyjęła, że po zastosowaniu preferencji powinna pomniejszać pulę kosztów kwalifikowanych pozostających do rozliczenia o faktyczną wartość zaliczek PIT, do których zastosowano ulgę na innowacyjnych pracowników. W praktyce takie podejście pozwala zachować większą część kosztów kwalifikowanych do wykorzystania w kolejnych latach. Dyrektor KIS uznał stanowisko spółki w tym zakresie za prawidłowe, a więc już po przedstawieniu stanowiska MF ponownie zaakceptował wariant korzystniejszy dla podatnika.

Oznacza to, że aktualna praktyka interpretacyjna nadal dostarcza podatnikom argumentów za stosowaniem korzystniejszej metody rozliczenia, mimo odmiennego stanowiska prezentowanego przez Ministerstwo Finansów.

Rozbieżność oznacza zarówno ryzyko, jak i możliwość zachowania większej korzyści

Dla przedsiębiorstw posiadających znaczące nierozliczone koszty działalności B+R przyjęty sposób kalkulacji może mieć bezpośrednie przełożenie na wartość przyszłych odliczeń podatkowych. Zastosowanie podejścia MF może oznaczać szybsze wykorzystanie dostępnej preferencji. Z kolei kontynuowanie korzystniejszej metody wymaga uwzględnienia ryzyka wynikającego ze stanowiska resortu oraz zapowiedzi weryfikacji dotychczasowych interpretacji.

Warto zweryfikować sposób dalszego rozliczenia ulgi

W praktyce przedsiębiorcy korzystający równolegle z ulgi B+R i ulgi na innowacyjnych pracowników powinni zweryfikować sposób ustalania wartości kosztów kwalifikowanych pozostających do rozliczenia, w szczególności wpływ obu prezentowanych podejść na wysokość przyszłych odliczeń, poziom ryzyka związanego z dalszym stosowaniem korzystniejszej metody oraz możliwość odpowiedniego zabezpieczenia przyjętego sposobu rozliczenia. Ma to szczególne znaczenie w przypadku firm posiadających wysoką pulę nierozliczonych kosztów B+R, ponieważ właściwie przeprowadzona analiza może jednocześnie ograniczyć ryzyko zakwestionowania rozliczeń i pozwolić uniknąć przedwczesnej rezygnacji z części korzyści podatkowej, która przy odpowiednim zabezpieczeniu może pozostawać jeszcze do wykorzystania.